 fox
II/IDEC networks :: habra.15 :: / [Перевод] Поиск по геному с помощью Wolfram Language (Mathematica) и HadoopLink
|
Login |
[#]
[Перевод] Поиск по геному с помощью Wolfram Language (Mathematica) и HadoopLink
habrabot(difrex,1) — All
2015-07-22 21:00:02
Перевод поста Пола-Жана Летурно (Paul-Jean Letourneau) "[Searching Genomes with Mathematica and HadoopLink][1]". Код, приведенный в статье, можно скачать [здесь][2].
----
_Примечание: этот пост написан как продолжение поста [Большие массивы данных в Mathematica с HadoopLink][3]_.
----
**Примечание переводчика**: автор данной статьи под термином _геном_ понимает всю совокупность генов некоторого структурного элемента живой материи. Это несколько отличается от стандартных определений, близких по смыслу, в которых подразумевается либо вся совокупность генов конкретного вида (Ridley, M. (2006). Genome. New York, NY: Harper Perennial), либо полный набор генетических инструкций, которые можно найти в клетке (). В данном посте будем пользоваться представлением автора.
----
В моём предыдущем [посте][4] я описал, как писать алгоритмы **MapReduce** ([вики][5]) в [_Mathematica_][6] с помощью пакета [_HadoopLink_][7]. Теперь давайте копнём немного глубже и напишем более серьёзный алгоритм **MapReduce**. Я уже писал раньше о некоторых [занятных возможностях в сфере геномики в Wolfram|Alpha][8]. Если вам это интересно, вы даже можете осуществлять [поиск по человеческому геному][9] определённых последовательностей ДНК. Биологам часто требуется найти расположение фрагмента ДНК, которые они нашли в лаборатории, для определения того, какому животному принадлежит этого фрагмент, или из какой он хромосомы. Давайте используем _HadoopLink_ для создания геномной поисковой системы! [Читать дальше →][10]
[1]: http://blog.wolfram.com/2014/02/21/searching-genomes-with-mathematica-and-hadooplink/
[2]: http://blog.wolfram.com/data/uploads/2014/02/hadooplink-part2.cdf
[3]: http://blog.wolfram.com/2013/07/31/mathematica-gets-bigdata-with-hadooplink/
[4]: http://blog.wolfram.com/2013/07/31/mathematica-gets-bigdata-with-hadooplink/
[5]: https://ru.wikipedia.org/wiki/MapReduce
[6]: http://www.wolfram.com/mathematica/
[7]: https://github.com/shadanan/HadoopLink
[8]: http://blog.wolframalpha.com/2010/03/10/did-you-know-that-wolframalpha-knows-your-dna/
[9]: http://www.wolframalpha.com/examples/GenomicsAndMolecularBiology.html
[10]: http://habrahabr.ru/post/263307/#habracut
habrabot(difrex,1) — All
2015-07-22 21:00:02
Перевод поста Пола-Жана Летурно (Paul-Jean Letourneau) "[Searching Genomes with Mathematica and HadoopLink][1]". Код, приведенный в статье, можно скачать [здесь][2].
----
_Примечание: этот пост написан как продолжение поста [Большие массивы данных в Mathematica с HadoopLink][3]_.
----
**Примечание переводчика**: автор данной статьи под термином _геном_ понимает всю совокупность генов некоторого структурного элемента живой материи. Это несколько отличается от стандартных определений, близких по смыслу, в которых подразумевается либо вся совокупность генов конкретного вида (Ridley, M. (2006). Genome. New York, NY: Harper Perennial), либо полный набор генетических инструкций, которые можно найти в клетке (). В данном посте будем пользоваться представлением автора.
----
В моём предыдущем [посте][4] я описал, как писать алгоритмы **MapReduce** ([вики][5]) в [_Mathematica_][6] с помощью пакета [_HadoopLink_][7]. Теперь давайте копнём немного глубже и напишем более серьёзный алгоритм **MapReduce**. Я уже писал раньше о некоторых [занятных возможностях в сфере геномики в Wolfram|Alpha][8]. Если вам это интересно, вы даже можете осуществлять [поиск по человеческому геному][9] определённых последовательностей ДНК. Биологам часто требуется найти расположение фрагмента ДНК, которые они нашли в лаборатории, для определения того, какому животному принадлежит этого фрагмент, или из какой он хромосомы. Давайте используем _HadoopLink_ для создания геномной поисковой системы! [Читать дальше →][10]
[1]: http://blog.wolfram.com/2014/02/21/searching-genomes-with-mathematica-and-hadooplink/
[2]: http://blog.wolfram.com/data/uploads/2014/02/hadooplink-part2.cdf
[3]: http://blog.wolfram.com/2013/07/31/mathematica-gets-bigdata-with-hadooplink/
[4]: http://blog.wolfram.com/2013/07/31/mathematica-gets-bigdata-with-hadooplink/
[5]: https://ru.wikipedia.org/wiki/MapReduce
[6]: http://www.wolfram.com/mathematica/
[7]: https://github.com/shadanan/HadoopLink
[8]: http://blog.wolframalpha.com/2010/03/10/did-you-know-that-wolframalpha-knows-your-dna/
[9]: http://www.wolframalpha.com/examples/GenomicsAndMolecularBiology.html
[10]: http://habrahabr.ru/post/263307/#habracut