сортировка работает в порядке получения сообщений. как в фидо, собственно. как они к тебе приходят, так и добавляются.
если ты, например, взял одно письмо с одного линка, а потом тему - с другого, то письмо с того линка будет иметь разный порядок - сравни, например, локалки vargos.im.2014 на 51t.ru и на n2.51t.ru:62220 - там разный порядок сообщений
кстати, консольный клиент вроде пишется, мне сегодня даже какое-то приглашение от битбакета пришло :) впрочем, как человек объявится - он сам объявит :)